Interesantisimo tu problema,
Si la abres como usuario normal y te pasas a superusurio con su, la puedes cerrar? si la abres como usuario nomal la puedes cerrar?
Mi hipotesis es que es un tema con el DCOP de kde, al estar konsole corriendo como root, el usuario normal que corre kde no tiene permisos para cerrar el proceso.
El tema ahora es descubrir como arreglarlo.
Asi a primeras, prueba lo que dice deathline, es decir antes de cerrar el konsole, apreta ctrl+d para volver a usuario normal y luego cerrar la ventana.
Cuentanos que sucede.
salu2[bye]
PD: has instalado algo grosso ultimamente? algo asi como kde3.1?