¿Conque programa quieres 'cortar'?, ¿requiere de edicion o solo es cortar para dividir en varios segmentos?, porque si es lo ultimo, con el mismo MULTIPLEXOR MKVTOOLNIX se puede cortar en base a marcar 'tiempos' o por peso [en MB] de cada segmento. Ejemplo, digamos que es por tiempos, tiene un video de 30min, quieres dividirlo en 2 de 15min, en MKVToolNix especificas el tiempo de 00:15:00 [horas:min:segundos] y el multiplexor creara un archivo nuevo que llegue hasta los 15min e inmediatamente lo cierra y crea otro con el resto del video, asi tendras dos archivos: my_video_001.mkv y my_video_002.mkv. O quieres dividir por peso del archivo, digamos que tienes un archivo de 2GB pero lo quieres dividir en archivos de 500MB, pues indica en MKVToolNix el peso de 500MB y el multiplexor ira mettiendo el video en 4 archivos:my_video_001.mkv, my_video_002.mkv .. my_video_004.mkv.