¿No vaya a ser que loe estés usando con algún programa?... si es eso, cierra el programa y entonces lo deberías poder borrar.
Sino, entra en el terminal, accede al directorio donde está el fichero, y luego escribe (sin las comillas) "sudo rm -vf nombre.del.fichero"
Si es un directorio, añade R detrás de vf...
luego, metes la contraseña de administrador y te lo debería borrar.