las cosas se pueden romper,el USB SPI FLASHER lo has fabricado tu?,si es asi igual algun componente se aya soltado comprueba que todo este bien.
edito:
comprueba tambien que los cables soldados a la placa esten bien conectados,que te de error de lectura o que no te lo detecte es un posible fallo de la coneccion con la placa,no tiene por que ser del USB SPI FLASHER