Probablemente te haya creado la partición de arranque en el HDD viejo... me parece raro si no has elegido opciones raras, pero no sería la primera vez que lo veo (por eso muchas veces se recomienda a la gente con poca experiencia que desconecte todos los discos menos en el que quiere instalar windows).
Si es eso, normal que no te deje borrarla. Yo te recomiendo hacer una prueba muy sencilla: Desenchufa el HDD mecánico. Si el PC arranca con normalidad, bórrala sin miedo con el método que quieras, que no tiene nada importante. Puedes usar gparted si desde windows no te deja.
Saludos