Por lo que dices, tiene pinta de que lo que recoges con el micro son interferencias del portátil. Prueba a hacerte con un cable apantallado, o un equipo mas decente (en mi experiencia, los portátiles pueden dar algún problema).
Me parece raro porque yo grabo con un micro algo mas barato que ese (ATR2100) tanto por xlr o por usb, y no he tenido problemas de ese tipo, con un sobremesa ojo.