Bueno, ante todo decirte, que creo lo estas haciendo mal. Y que estas dudas deben ir en el hilo correspondiente al tutorial que estas siguiendo (normas del foro).
A lo que vamos:
-Cuando descargas los IOS con el NUS Downloader tienes que marcar la casilla Pack->Wad, para que te los empaquete como WAD.
-Despues, no tienes que copiar esas carpetas que has puesto con esos numeritos. Tienes que tener la siguiente estructura en la SD:
-apps (carpeta donde tienes las carpetas de las aplicaciones) (los * indican que son carpetas que estan dentro de la carpeta apps)
*Trucha Bug Restorer (carpeta con su respectivo boot.dol)
*Trucha Bug Restorer MOD (carpeta con su respectivo boot.dol)
*Wad Manager (carpeta con su respectivo boot.dol)
*cIOS38 rev17 (carpeta con su respectivo boot.dol) Esta es por si quieres instalar la ultima revision, pero antes hay que instalar la 14
*cIOS38 rev14 (carpeta con su respectivo boot.dol)
*cios_installer (carpeta con su respectivo boot.dol)
-WAD (carpeta donde vas a tener el IOS249, si eres de la version 4.2)
*IOS249-64-v65280.wad (esta dentro de la carpeta WAD)
-IOS15-64-v257.wad
-IOS15-64-v523.wad
-IOS36-64-v3351.wad
-IOS38-64-v3610.wadLos nombres de las carpetas que se encuentran en apps, no se si son al 100% iguales porque hace tiempo que lo hice yo y no se si cambie sus nombres. Yo lo hice para la 4.2, pero creo que no dista mucho de otras versiones, asi que te servira de orientacion.
Eso es lo que tienes que tener en la raiz de la SD, no dentro de ninguna carpeta que este dentro de la sd.
Suerte, un saludo. Y espero haberte podido ayudar.