Un consejo personal que me ha dado la experiencia, es que pases de los arranques duales porque al final siempre usas más un sistema operativo que el otro. Con lo cual, si el disco de 500gb es el de win, lo pones como primer disco y en el solo instala win. El día que te pega por poner linux pones el disco de 250gb como primer disco, instalas solo linux en el y tan feliz. Los días que estés configurando y probando linux y tal, si de repente te pega el puntazo de ir a win, con darle al F8 en la mayoría de las bios, antes del arranque del SO, te da para elegir con que disco arrancar y eliges win y listo. Cuando te canses de linux y quieras volver a win, vuelves a ponerlo como primer disco y tendrá el arranque intacto. De igual manera, linux seguirá con su arranque también. Así no peta ningún arranque, no relentiza el uno al otro, no te arranca el sistema que no toca ni tienes que estar pendiende de los segundos ni nah...!
pd: Ha petado, por norma general, a no ser que ocurra algo muy muy suertudo xD, te va a tocar instalar win y linux de nuevo. Y revisar bien las particiones, yo también creo que tienes un jodido cruze. xDD
Aunque ahora recuerdo que una vez, tuve qué hacer algo con el HDD, no recuerdo bien pero la cuestión es que recuerdo algo de que me salió un mensaje de el disco duro pasaría a ser nosequé, y que no podría instalarse un SO en él... ¿Alguien sabe qué tengo que hacer? Gracias 
. Mira tutoriales sobre reparar Grub (y asi esta vez hacer bootable el propio disco) y luego nos comentas ^^
