Sí, es cierto, Java y JavaScript no son lo mismo, pero Firefox no entiende de JavaScript si no es con la ayuda de un plugin, y las releases oficiales no incluyen ninguno.
Los paquetes de Sun Microsystems incluyen tanto Java como plugins de JavaScript para navegadores Mozilla y similares.
Por otra parte no sabes si la pagina de YouTube puede diferenciar entre tener el soporte de JavaScript desactivado y simplemente no tenerlo.