tambien pasate por el windows y cierralo debidamente, puedes tener problemas de montaje, por ejemplo en HDs USB externos si no los quitas con "quitar hardware con seguridad" en linux no te montara ese HD externo o no correctamente.
Tambien podria ser que hayas encriptado la particion de Windows (y entonces la habrias cagado, ya que si te ves en la necesidad de cambiar de windows o reinstalarlo no podras leer/recuperar tus datos) es mas raro pero hay la posibilidad.
