Para minimizar la posibilidad de pérdida de datos, lo que siempre hay que hacer es tener 2 discos duros con los datos por duplicado (Métodos de hacerlo al margen). Pero claro, esto supone siempre un desembolso mayor, pues no es tener 1 disco duro, es tener 2.
Para ahorrar en almacenamiento, lo que siempre puedes hacer (y recomiendo) es clasificar tus datos entre muy importantes e irremplazables, y datos reemplazables o que te duela menos perder. En el primer grupo pueden entrar tus fotos, documentos de trabajo, papeles, finanzas, etc; mientras que en el segundo música, películas, juegos, descargas, etc...
La idea de este sistema es no tener que gastarte un dineral en 2 discos de 3294723TB para tenerlo toooodo respaldado; puedes gastarte menos dinero y comprar un segundo disco con la capacidad justa donde tener sólo los archivos del primer grupo.