Creo que basta con hacer clic con el botón derecho del ratón, sobre el botón de pausa del Deck que quieras vaciar, manteníéndolo pulsado durante 3 segundos y luego soltándolo. En algunas pieles o Skins (Denon) no funciona, pero puedes utilizar momentaneamente otro Skin diferente, o incluso copiar el código de un Skin a otro.
Nunca he utilizado este programa, he encontrado ese dato Googleando por "Virtual Dj empty deck 1". Suerte
Un saludo