Habiendo cambiado placa ya, aunque la fuente es regulera, yo apostaría por el procesador... algún pin doblado o directamente tocado, si fallan las lineas PCIe del proce es muy probable que se encienda el led de VGA igualmente (en este contexto VGA no se refiere al puerto, se refiere a Video Graphics Adaptor, tarjeta gráfica vaya)
Lo que te dicen, prueba la gráfica en otro PC, y así sales de dudas, para no seguir cambiando cosas sin saber bien qué puede ser.
Saludos