si, claro. por supuesto, las actualizaciones están para que las instales, por tema de seguridad, correccion de errores o nuevas funcionalidades. (pero, como comprobaras si lo intentas, hasta que no termines de instalar vlc, no te dejará actualizar... por norma del sistema, NUNCA se estaran ejecutando dos o mas programas u operaciones de instalacion/actualizacion simultaneamente)
pd:si de repente ves que un programa, en este caso VLC tarda mucho en descargarse/instalarse, no tiene por que estar yendo algo mal. hay programas que dependen de otros programas o de librerias que no vienen dentro del paquete del programa, por ejemplo, en este caso, VLC depende entre otras cosas (segun lo que leo de tu mensaje, depende de 24 cosas que aun no tenias instaladas) del framework grafico Qt. por tanto al instalar vlc, necesariamente, el sistema tiene que instalar Qt tambien (bueno, las 24 cosas, vamos xD) (de hecho te habra salido una ventana de confirmacion con la lista de las dependencias)
por otro lado, si son muchas cosas a descargar y tu conexion a internet, o los servidores de donde se descarga, estan lentos, pues tardará, y no hay ningun problema.