Curioso, yo vendí un M3 Perfect a un chaval en enero, no seras de Córdoba?
En cuanto a tu pregunta... el M3 para juegos de DS no hay nada de autosave, solo tienes que guardar normalmente en el juego, con lo que se almacenara el save en la Sram del M3, y se copiara a la tarjeta SD la próxima vez que enciendas la consola.
Vamos, que jugando exactamente como jugarias en un cartucho normal puedes guardar perfectamente.
Por otro lado asegurate de que los saves tienen el mismo nombre que los archivos *.nds, y que lo unico que cambia es la extensión.
Si aun asi no te funciona, puede ser que la pila interna del M3 se haya gastado, para comprobarlo, una vez guardes la partida apaga y enciende la ds rapidamente y si ha guardado, es que la pila del M3 esta gastada, por lo que deberas cambiarla (o guardar siempre así)