Esta vez voy a ser bueno y te voy a resumir un poco para que no te pierdas.
- En la micro-sd en la raiz mete la carpeta _system_ , y el archivo menu_ds.dat (es el firmware). Escoge la versión que quieras, pero te recomiendo mucho que sea la última.
- Introduce tus backups en la micro-sd (las carpetas a tu gusto).
- Introduce la micro-sd en el flashcard.
- Introduce el flashcard en la NDS y a disfrutar.
Saludos.
PD: Esto es un megaresumen, para más, como te han dicho: reviews y otros hilos.