Yo lo 1º que haria seria reinstalar todo desde cero, es decir mete de nuevo el CF y el prometheus de turno y formatea la memory stick previamente, luego añade juegos y si te sigue pasando desde luego puede ser ma memory stick que o bien este dañada, o bien que no se aoriginal y sea la tipica que venden los chinos o venden por ebay...
Hace un año y algo tuve un problema similar y fue porque compre una MS de 8Gb por ebay que no era oficial, despues compre una oficial de 16 Gb y desde entonces no he tenido un solo problema, aunque el tema de que desaparezcan los backups tambien puede ser debido a algun plugin que pueda darte problemas, por eso reinstalando desde cero todo no deberia darte ningun problema la consola.
Mete solo el CF y el prometheus y 4 juegos por ejemplo y nos cuentas