Wiiu en usb, o nand si es algo que juegas mucho y te interesa por comodidad.
Wii, tienes dos opciones, o bien haces inyecciones que se usan como si fueran juegos nativos de wiiu, usando su mismo disco o nand, o bien usas un disco USB específico para wii (no el de wiiu) que se usará con usbloader GX o wiiflow, en fat 32.
GC, lo mismo que wii. Pudieran compartir disco externo específico, para los usbloader y para el nintendont (el programa cargador de imágenes gamecube).
GBA y snes lo mejor es en la sd porque ocupan poco. Aunque también pueden estar en el disco USB de wii, si se prefiere.
Nds sólo es práctico con inyecciones, osea que como juegos wiiu. 3DS no se puede.
Nand es la tecnología de la memoria interna, y se llama así por extensión.
1gb no da ni para meter el retroarch de wiiu, solo el programa. Al menos 2gb. Joer, que mi antigua 3DS venía con una de 4gb.
Mejor no uses varios almacenaluengos a la vez, se hará la picha un lío. A lo mas, usa ustealth para esconder el disco wii cuando estás en el lado wiiu. Ojo con los pendrives, dan problemas, mejor discos rotatorios de toda la vida.
Para transferir, en modo wiiu entiendo, pinchas los 2 discos a la vez. No te dejará hacer otra cosa que transferir o desconectar alguno.