Hmm..., prueba con otros programas y tal, prueba teniendo activada y desactivada la tecla bloq num.
Por lo visto según me cuenta se te abre otra instancia del programa en el cual tengas el foco (tengas abierto y estés usando).
Prueba también a ver que ejecuta si estas pinchando en una carpeta, icono o incluso el fondo de pantalla.
Por lo que comentas debe haberse asociado alguna función especial en el teclado numérico.
Configuración > teclado: Atajos
Prueba ahí a poner alguna función en teclas del teclado numérico y tal también.
mira en Configuracion > region e idioma: distribucion y pinchas en el iconito de teclado que hay abajo. Ademas en las Opciones de ahi tienes multitud de configuraciones para todo incluyendo como debería funcionar el teclado numerico.
Ahí toquetea, pon por defecto, prueba, etc.
P.D.: Todo esto acabo de verlo ahora, bonitos los menús de gnome3
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