La Ntfs sin lugar a dudas.
Es más rapida y más fiable pero te recomiendo que hagas 2 particiones una con 98 y otra con xp que es lo mejor, una en fat 32 y otra en ntfs,instalas primero el 98, despues el xp y te hace sólo el menú de arranque o menuitem..
Un saludo de tu colega Sothys