FAT32 es más rápido que NTFS. Pero no sé si vale la pena. Lo mejor es que hicieras la prueba, lo que a mi me parece despreciable a lo mejor para ti es vital. Personalmente pienso que deberías utilizar NTFS siempre en cualquier disco duro, internos y externos, y dejar FAT32 para memorias flash en las que no se espere el almacenamiento de ficheros grandes. Pero sin duda la unidad será más rápida con FAT32, recuerda que no lleva journaling, por ejemplo, cosa que NTFS sí.