tu ten en cuenta que el NTFS, como el FAT32, como el FAT, como el ext2, como el... solo influyen en el modo en que se guardan los datos... te voy a poner un ejemplo gráfico:
si tu guardas los condones en el cajón de la mesita de noche... tienes condones, si coges esos condones, y los metes en el bolsillo del pantalón... has combiado el modo de guardarlos, pero sigues teniendo condones...
de modo que si tu guardas un archivo en tu ordenador, en un HD con formato NTFS, al pasarlo a un disco, pasas la misma información, solo que en el disco de 3 1/2 se guarda en formato FAT...
de modo que no te preocupes por compatibilidad... ya te dije que a no ser que con tu HD con NTFS, te vayas de juerga loca a un ordenador que no tenga win NT/2000/Xp, no vas a tener ningún tipo de problema...