Son muy distintos pero yo me quedaría claramente con Nuclear Throne.
Enter the gungeon es en cierto modo del estilo a nuclear throne pero añadiendole las características de los dungeon crawler, lo cual lo hace más lento. Una partida completa de gungeon puede alargarse perfectamente una hora dependiendo de si encuentras rápido o no el cuarto del jefe de nivel, por otro lado nuclear throne es mucho más rápido ya que los niveles vienen a ser como arenas bastante grandes mientras que en gungeon las arenas serían los cuartos que se cierran al entrar hasta que terminas con los enemigos (en nuclear tendrías que terminar con los de todo el nivel para pasar al siguiente, sin contar los atajos). Eso es la principal diferencia en concepto.
Ahora para mi lo que me hace decantarme por nuclear es que los personajes son muy distintos y cada personaje requiere su estilo de juego, así mismo las mutaciones y las armas en relación con estas, las cuales te pueden tocar al hazar condicionan mucho más la partido lo cual aunque uses siempre un personaje te hace falta tener varios estilos de juego o movesets para el mismo. Yo por ejemplo uso a cristal y dependiendo de como me salgan las mutuciones tengo distintos estilos de juego.
Tambien cabría destacar la dificultad adaptable de nuclear throne que sube con cada paso de portal o mucho más si consigues coronas pero añ mismo tiempo hace que salgan más y mejores objetos, lo cual es otro parámetro a tener en cuenta.
En enter the gungeon para mí esto no se da porque los quirks de los personajes o las armas y objetos con los que empiezan no los diferencian lo suficiente y las partidas dependen de como domines las mecánicas de esquivar y de protejerte con objetos como mesas o ataudes. Así mismo el juego da la sensación de que si controlas bien las mecánicas no dependes tanto del hazar.
Como ventaja del gungeon diría que las batallas al ser las habitaciones más pequeñas pueden volverse muy épicas en algunos casos.
Por último otra ventaja de nuclear throne son las daily/weekly runs. En las daily juegas un nivel diseñado de igual forma para todo el mundo y en las weekly (rl fin de semana) un nivel diseñado para todo el mundo con el personaje que te digan, lo cual es algo que le da un punto competitivo y te hace conectarte a jugar 10-15 minutos aunque solo sea por hacer la weekly.
Conclusión: De pende de tus gustos pero Nuclear Throne es un juegoo más rápido y dinámico mientras que gungeon es más lento, más de seguir ciertas dinámicas y de pensar como afrontar las situaciones en algunos casos. Ambos son muy buenos juegos y ambos puedes conseguirlos baratos ahora mismo, con lo que la decisión final depende de el estilo de juego que te guste más.
PD: Se me olvidó decirte que gungeon sí que tiene cierta historia, especialmente por parte de los npcs, mientras que nuclear no la tiene, al menos no directamente.