Primero que esta duda debería ir a la sección general porque generalizas con respecto a la consola. Luego, lo del cfw depende del firmware que traiga la consola, porque si es de 10.5 para abajo podrás acceder a Homebrew Launcher mediante browserhax, mientras que en 10.6 y 10.7 necesitarás un Cubic Ninja, Zelda Ocarina of Time o Pokémon mundo mundo mega misterioso exploiteados. En resumen; necesitas una 9.2 de versión, por lo que en una de esas versiones podrías hacer downgrade. Pillarla nueva o de segunda mano es decisión tuya, pero la garantía la perderás si no dejas la consola nuevamente como estaba, es decir, sin CFW y preferiblemente a la última versión de firmware. Por mi parte no he necesitado garantía porque hacer los arreglos en esta consola está tirado si eres un pelin manitas, pero claro, siempre está bien tenerla. Por otra parte pillarla de segunda mano no te ha de privar de garantía; pregunta al vendedor si tiene y cuánto tiene, o cuánto le queda en caso de ser particular.
Con cfw al menos a mi no me merece la pena un sky3ds, porque hago lo mismo y más, y no, ningún método te da problemas para alternar entre backups y juegos originales.