Mucho me temo, por lo que se está comentando en otras páginas, que el filtro DirectShow de esta nueva versión de Xvid está corrupto, y no funciona correctamente. A los que os sigue yendo Xvid después de actualizarlo a esta nueva versión, es porque se os carga otro códec (a mí se me carga el AVI Decompressor). Por tanto, mejor que no os mováis de la 1.1.3, que es la última versión en la que el filtro DirectShow funciona correctamente.
Al parecer, el fallo está en el archivo xvid.ax (basta con sustituir el de la versión 1.2.1 por el de la versión 1.1.3 y todo vuelve a ir bien). Por tanto, habrá que esperar hasta que solucionen este fallo, que espero sea muy pronto.
Saludos.