Los emuladores van en la carpeta PSP/GAME, ahi dentro va la carpeta del emulador, los roms de cada emulador puedes meterlos dentro de la misma carpeta del emulador, por ejemplo: PSP/GAME/GBA/ROMS luego localizas los juegos desde el propio emulador, la direccion en la que estan vamos;
Los juegos de PSP, tanto en formato CSO (formato comprimido para PSP) como ISO, van en la carpeta ISO de la psp, cuando pongas la psp al pc y se habra la ventana, veras la carpeta PSP, ISO, etc etc, pero dentro de iso los metes y listo, te recomiendo que comprimas las isos a CSO para ahorrar espacio en la tarjeta, en algunos juegos las ISOs se comprimern bastante ahorrando de 200 a 500 megas, en algunos tan poco que no merece la pena, como dato adicional, si algun juego te da problemas por ejemplo en la reproduccion de videos del mismo juego, como tirones y cosas asi, juega ese juego en formato ISO, le cuesta menos moverlo a la psp y solucionaria el problema, eso en caso de que alguno te diese problemas;
Sobre lo de actualizar, mira este hilo:
hilo_cfw-6-60-me-1-8-6-39-me-9-8-psp-liberables-lme-placas-malditas_1628012Donde pone "LME no permanente para PLACAS MALDITAS:" sale el tutorial en el spoiler, como ya estas en 6.60, sigeu el paso 2 de ese tutorial, lo que vas hacer es actualizar tu 6.60 LME 1.5 a LME 1.8, y listo, no te compliques mas, sigue el paso 2, basicamente es descargar un par de archivos y ejecutarlos en la PSP, leelo bien y no tendras problemas =)