En efecto, basta con activar la emulación de EDID en la salida correspondiente. Con esto Windows reconoce un monitor y ya no se desconfigura.
Con respecto a Windows 10, hay que desactivar la caca que trae por defecto (barra de juego, notificaciones innecesarias, etc.) y a partir de ahí a funcionar.
De momento el mayor problema con las Vega, como ha comentado Vlad, es que no funcionen los dotclocks bajos. Usando super resoluciones se soluciona, pero hay que tener en cuenta que en muchos casos ni siquiera 640x480i va a funcionar, lo que obliga a usar el escritorio con resoluciones extremas del tipo 920x480i. Para emuladores profanos que van a piñón a 640x480, esto es un problema.