A ver, lo voy a explicar un poco mejor:
Tengo dos discos duros en el IDE secundario y en el IDE primario otros dos dispositivos. He desenchufado los dos del IDE primario y ahí he enchufado los discos duros. Con un extremo del IDE secundario he enchufado el disco duro que queria agregar.
Entonces, como dijiste algo de GRUB, lineas, menu y demas, busque informacion sobre como esta formado el archivo menu.lst.
Entonces una de las lineas que pone para arrancar es "hd(x,y)" donde "x" e "y" corresponden a numeros. El caso es que yo los cambie, a numeros incorrectos, pero los cambié.
El resultado fue que GRUB arrancó pero daba el error al seleccionar el sistema operativo de que no encontraba la particion, pero dandole a "e" deja editar las lineas de arranque y con cambiar hd(x,y) por los valores que tenia inicialmente me deja entrar.
Es algo rara la solución, pero funciona, y para lo que quiero sirve, ya que es temporal.
Luego la particion ya hay que montarla y demas con "mount -t ..." segun encontré en la guia ubuntu, sin mayor problema.
Si todavia hay algo que no acabas de entender dime y lo intento explicar algo mejor.