Vamos a ver, como dijo nuestro buen amigo Jack "vayamos por partes":
Al cambiar el disco interno obviamente la consola te lo formatea y te lo deja limpio. Así que tienes que volver a instalar el manager (multiman, iris,etc) pero el cfw no lo tienes que volver a instalar. Los firmwares no se instalan en el hd de la consola con lo que el disco interno lo puedes cambiar todas las veces que quieras que no lo pierdes. Para cambiar el hd tienes un montón de vídeos en youtube busca por "cambiar disco duro ps3".
Si quieres usar un disco externo no sé donde está el problema. Puedes usar tanto ntfs o fat32 o los dos. Yo tengo de externo un western de 1 TB y lo he particionado para tener fat32 y ntfs y la ps3 me reconoce ambas particiones sin problemas.