A mí no me gusta demasiado la refrigeración (se suele decir que lo barato sale caro, las RL selladas tienen mala vejez, y una de 360mm por ese precio es muy barato), yo pondría antes cualquier disipador por aire, Deepcool AK400 o similar, que de hecho es más barato y te quitas de problemas. Por rendimiento, sobra para cualquier procesador de gama media. De la caja no tengo queja pero me da la impresión de que se lleva un buen mordisco del presupuesto cuando hay cosas bastante ajustadas.
A mí el 12400F no me parece mala elección, de hecho del resto no tengo especial queja, aunque quizás pondría el 13400F que rinde bastante mejor en todo manteniendo plataforma (si eliges esa placa, tendrás que pedir que te actualicen la BIOS en la tienda, ya que no soporta flasheo sin CPU, pero yo te recomendaría ir a una B760 de similar gama directamente). El NV2 no es que me apasione pero no es tan horrible como su predecesor. Pondría antes el SN570 por un poco más.
Si hubiera que recortar algo, pondría una caja más modesta y un 13400F con placa decente sin duda.
...y esto es muy discutible, pero a mí montar nuevo en un socket muerto como AM4 (con permiso del recién salido 5600X3D, que a mi juicio no debería de existir, pero ahora sí que sí ya no hay nada que esperar) me parece un error. A similar potencia (incluso un poco menos si me apuras) dame un i5 12400F en LGA1700 aunque sea con DDR4 mucho antes que un 5600X. Por posibles actualizaciones, por arquitectura, por controlador de memoria, por conectividad...
Saludos