Por lo que cuentas, tienes asociada la extensión .iso a winrar. Por eso cuando termina el proceso "ves un archivo comprimido". En realidad no lo es, es una iso ilegible por el pc.
Si cargas dicha iso en el gctool, verás la estructura de archivos, solo si es de GC, en cambio si la iso es de wii, tan solo verás la cabecera y poco más.
Asi pues, aunque a ti te aparezca el simbolo de winrar, no se trata de archivos que winrar comprenda o sea capaz de descomprimir.
Yo que tu, abriría winrar-->opciones-->configuración-->integración, y DESactivas la casilla ISO. A partir de ese momento, los archivos .iso ya no te apareceran con el simbolito de rar, evitandote problemas y confusiones.
Cuando veas un archivo .iso, lo grabas con imgburn y a jugar.
Suerte.