Eso es porque no está usando el codificador de la GPU. Si es una Nvidia hay que instalar sus drivers con todo el rollo añadido del CUDA y NVENC. Si es AMD pues a lo mejor hay un paquete extra para el VCE.
Una cosa es el codec y otra quien lo codifica, no por poner el codec lo pilla la GPU automáticamente, ya que la CPU puede por software codificar cualquier codec. Se necesita tener instalado lo necesario a nivel de drivers, y luego configurar la aplicación para asegurarse de que está pillando la GPU para hacerlo.