El OC no entiende de sistemas operativos. Un OC bien hecho, será igual de estable en Windows que en Linux. Si tienes un equipo en el que has comprobado que en Windows aguanta 24h de prime, en Linux te las aguantará igual.
Eso si, un OC mal hecho (entiendase mal hecho con que no es estable) cuanto mas le exijas al ordenador, mas probabilidades tiene de fallar. Una compilación implica operaciones de estres sobre muchos componentes del ordenador y como en Linux, en especial en Gentoo, se compila bastante, es mas facil (estadisticamente) que se produzca mayor tasa de fallos. De ahi la fama de Gentoo. No es que Gentoo sea mas sensible al OC, sino que se hacen mas operaciones sensibles al OC.
Yo tengo el ordenador bastante pasadito (AMD64 3400+ NC@2790Mhz, DDR400@DDR558) y puedo decir que es estable. No solo me pasa el mprime durante horas, sino que las multiples compilaciones que he hecho en Gentoo no me han dado problemas.
El OC es como todo, si se hace con cabeza, no es malo. Si tienes comprobado la robustez de tu OC en Windows, en Linux será igual, y en caso negativo, entonces es que tu OC no es estable, no es que Linux sea mas sensible.
Saludozzzzzzz