¿No hay vasijas por la zona de la batalla final? ¿Ni por abajo ni por arriba?
Normalmente en los Zelda si rompes una vasija cuando no tienes flechas o magia te salen recargas para éstas.
De todos modos, quizás debas buscar todas las hadas que hay por el juego ya que algunas te maximizan la barra de magia al tope y es difícil que se te acabe en el combate contra Ganon. O también puedes llevar tarros de cristal relleno de líquido que te recargue la magia, si no me equivoco es la poción de color azul.