Depende de muchos factores. En mi caso me quedo y me quedare con la 3DS normal, principalmente por tamaño (que a fin de cuentas es lo que quiero en una portatil), igual que en su dia cambie de una PSP Slim a la PSP Go, no me gustan nada las consolas grandes.
Por otra parte, siendo mas "tecnicos", la pantalla de la 3DS normal es mas pequeña, los defectos se notan menos, y se ven las cosas mas nitidas.
Ahora, la 3DS XL se agradece una pantalla mas grande, aunque se ve mas "pixelada", por asi decirlo se ve "peor" (Aunque no tanto como se puede pensar).
Sobre la bateria, sin duda lo han solucionado en la 3DS XL, dura mas.
Comodidad, pues ahi depende de cada uno, totalmente subjetivo.
Estetica, tambien subjetivo, y en mi opinion la XL es realmente fea (sobre todo la gris/plateada) y los materiales parecen mucho peores que en la 3DS, pero ojo, tambien es cosa de gustos.
El "problema" que le veo a la XL, por ejemplo es a la hora de usar el circle pad, que va a agrandar en exceso la XL, pero si no lo vas a usar te da igual.
En definitiva, no hay una mejor o peor que otra, mas bien, una u otra se adapta mejor a las necesidades de cada uno, y a partir de los que buscas y el uso que le vas a dar (y donde se lo vas a dar) elegir una u otra, y sobre todo probarla por uno mismo, ya que aqui cada uno te dira una cosa distinta