Mi consejo es que tires por la versión de n64. Es peor gráficamente. Pero algunos emus suelen venir ya con trucos integrados y existe parche de traducción para ese juego.
El citra 3ds es un emulador muy exigente. Sólo tira de un núcleo y va únicamente por opengl. Por lo que en mi caso sólo con el pc principal van algunos juegos bien. Con el secundario, no. Y si hablamos de android, va todavía peor.
Te va a dar menos problemas el de n64 por el rendimiento y por el tema de las dos pantallas.