Si a lo que te refieres con tu pregunta es que si le pasará algo a tu consola si la pones un chip, y dentro de un tiempo lo quitas y pones otro, la respuesta es: No, no pasa nada, puesto que el chip una vez quitado limpiamente deja la consola tal cual estaba.
Edito: sé que pocos han probado el wiiinja y yo mucho menos, pero es que eso es aplicable a cualquier componente electrónico siempre y cuando no necesite flashear nada del equipo original para funcionar