Antes de ponerte con el Alternativo, te decia que vieras lo que el eoliano tristanc comentaba. Pero bueno, creo que te adelantaste.
Y ahora, que es eso de 64 bad blocks??? Me parecen demasiados bad blocks!! Eso no puede ser. El Cygnos la verdad que es un poco quisquilloso. Pero en teoria, al fin y al cabo, el JTAG como tal son 4 cables como quien dice, y lo demas (nand dumper, el que sea) sobra, por lo que el JTAG alternativo funciona igual.
Dejame mirar a ver las instrucciones de tu version de Cygnos, y a ver de qué modulos se compone. Despues de eso, te podre comentar lo que se puede hacer o no con mayor detalle.