Diferencias con respecto a un reproductor Mp3: utiliza baterías en lugar de pilas, disco duro en vez de memoria flash (infinitamente más barato por la capacidad que ofrece), y más funcionalidades (despertador, algún jueguillo...).
De todas formas, te aviso de que hay muchos otros fabricantes que ofrecen alternativas muy sólidas al iPod, como son Archon o Creative. Investígalo bien antes de decidirte.
En mi opinión, por la diferencia de precio, merece la pena pasarse al jukebox.