Te sucederá, si no tienes el mismo ángulo de enfoque en cada uno de los planos de visión de cada ojo, que verás una imagen "con fantasma" después de algunos minutos. Eso también sucede en la realidad cuando no tienes enfocados los ojos en el mismo punto -Algo difícil, pero a todos nos ha sucedido-.
En la 3DS es bastante común; creo que a todos nos ha sucedido, que después de una decena de minutos, vemos la típica imagen doble, pero sin perder el efecto 3D, y sucede porque estamos enfocando mal, con alguno de ambos ojos, porque cansa un poco la visión este efecto de la máquina. Y creo que eso es, tecnicamente, tener un ojo "vago".