@half-turok Lo que puedes hacer es sobre todo intentar ver si puedes copiar la carpeta "Nintendo 3DS" en su totalidad, ya que es la que lleva todo el contenido instalado en la consola. Si no la logras recuperar o si apenas la recuperas parcialmente entonces lastimosamente tendrías que resignarte a perder el contenido que tenía tu consola e iniciar "de cero".
En cuanto a volver a tener los archivos correspondientes y básicos para el encendido de tu consola modificada, solo sería que sigas lo que se indica
en este enlace (dependiendo de la modificación que lleve en este momento la consola).
Y para intentar recuperar o hacer copia de la EmuNand (algo ya obsoleto, no sobra decirlo de todos modos), lo adecuado sería usar la aplicación antigua para PC llamada "
EmuNand Tool" (que se puede
obtener aquí).
PS: Una vez hayas logrado o intentado hacer copia de la carpeta "Nintendo 3DS" y de la EmuNand, lo recomendado es que revises el estado de la SD con la que estás teniendo problemas, tal como se sugiere
acá, para saber si la puedes seguir usando o si mejor la descartas, y posteriormente si deseas usar la EmuNand, en caso de que la hayas recuperado sin problemas,
es mejor que la inyectes en la SysNand para no complicarse tanto.
Saludos