Quizás sea algo del router, algún puerto o algo, aunque siendo descarga directa es raro pero quien sabe. Prueba a bajar (aunque sea unos segundos para probar) el archivo desde la web de Mega y a ver si te baja a la velocidad que tiene que bajar, a ver si es del jdownloader ó de otra cosa.
Creo que el Jdownloader tiene en opciones en algun lado un sitio para cambiarle puertos. Le metes uno que abras en el router y quizás así.