Pues yo antes les ponia el "Safe Mode" y punto. Ahora me dado cuenta de que el "Trim Rom" (Recortar Rom) es muy útil, porque borra la información de relleno de los Backups y ahorra espacio en la tarjeta.
El modo Reset creo que no es compatible con la Descarga DS, o sea que no lo pongas en juegos que desees utilizar la Descarga DS.
Eceptuando el "Linkage" y los "Cheats", las otras opciones creo que son más bien para marcar la correspondiente si un juego de problemas.
En resumen (Por defecto y solo de DS):
En juegos con Descarga DS (Hasta ahora me ha funcionado bien):
Safe Mode
Trim Rom
En juegos sin Descarga DS:
Software Reset
Trim Rom