mi consejo, deja la retro para scene y la slim para la 3.72... por? pues por que las fat están mas estudiadas, tienen mas soporte para linux por ejemplo... se pueden hacer mas cosas, y las slim por lo que se ve tienen mas facil el tema de bajarlas de versión y demás por si algún día suena la flauta y tenemos CFW 3.72.
lo que si que puedes hacer es cambiar los discos de las dos y así tener 250 GB en la fat para juegos y demás, ya que en la slim no vas a necesitar tanto para online y originales, cambiar los discos es muy fácil, pero casi de seguro que pierdes lo que tienes dentro que si en tu caso está recién comprada me imagino que es poco
para el tema de carga de backups de ps2 creo que se puede con multiman pero no estoy seguro, lo que si estoy casi seguro es que con versión 3.72 no se puede(en el caso de que si se me vienen a la mente cosas curiosas con las 3.72 retro.... mmm... xD)
resumiendo, para mi la mejor idea seria:
cambar los HDD de las dos consolas para tener la retro con mas espacio
actualizar la retro a un CFW 3.55 o 3.41
actualizar la slim a 3.72
espero que sea de ayuda