Yo he probado tanto urpmi como apt y me parecen los dos muy buenos. Normalmente cuando hay problemas con urpmi o apt suelen ser problemas de los repositorios que metes. Si pillas unos buenos no deberías tener problema con ninguno de los dos.
¿Por qué uso urpmi y no apt? Pues tan simple como que mandriva usa urpmi y es la distribución que más me gusta.
Si usase debian, *ubuntu,... pues usaría apt.
Simplemente uso el gestor de paquetes que trae cada distribución, no elijo la distribución por su gestor de paquetes.
Un saludo