Yo lo que hago es hacer uso del modo sleep. Cuando juego por la mañana por ejemplo, nunca la suelo apagar hasta que me acuesto, ya que es algo negativo el estar encendiendo y apagando constantemente, como ocurre con los PC. Así, cada vez que quiera jugar a lo largo del día, no tengo más que abrir la consola, y os aseguro que la batería no se ve resentida, puesto que apenas ha bajado un porcentaje minoritario, de hecho me dura bastante la batería en ese sentido.
No digo que sea malo que se apague y tal, pero yo solo hago esto cuando sé de antemano que no voy a volver a usar la consola el resto del día. Aparte, que como decían en mensajes anteriores, es bueno por el tema de StreetPass a la hora de recoger muchos Mii.