Yo te diré cómo me las vi yo:
-Ghost in the shell: Stand Alone Complex y GITS 2nd GIG (las dos series, que son como una precuela de la película)
-Ghost in the shell (Película)
-Ghost in the Shell, Innocence (Una secuela de la peli).
Los mangas yo aún no me los he leído pero creo que ese es un buen orden. Además tienes las OVAS de Solid State Society, que puedes verlas después de la serie, pero a mi me dio más o menos igual el orden, más o menos por cómo se desarrolla vas viendo qué va antes y qué va después.
Yo creo que si te gusta el género, te gustará de la forma que sea
Aunque si vas de más viejo a más nuevo también es algo aconsejable.