Orientación urgente, mi servidor no funciona como debería

Buenas a todos. Tengo un servidor que viene dándome problemas desde hace un mes más o menos, y os aseguro que no se por dónde cogerlo, necesito simplemente que alguien me ilumine acerca de qué puede ser.
El servidor lo enciendo y funciona perfectamente. Tiene webmin, amule, JDownloader con interfaz web, deluge, cups y es servidor FTP (proftpd) y de ficheros utilizando samba. Lo administro por ssh y alguna que otra cosa por wembin.

Tras un tiempo encendido el servidor deja de funcionar correctamente (no tengo claro si es un tiempo aleatorio o no, pero por lo general cuando me despierto o han pasado muchas horas desde que lo utilicé ya le pasa):
-Puedo conectar perfectamente por ssh y funciona, aunque curiosamente si hago un "top", no responde. Tengo que pulsar control+c para cerrar el top y sigue respondiendo normalmente a otras cosas.
-No puedo conectar por ftp; bueno, realmente sí, pero no me llega a listar el directorio.
-Webmin no da señales de vida (el navegador queda en espera de recibir información pero no llega nada).
-Las interfaces web de amule y JDownloader siguen funcionando y respondiendo rápido, no he probado a poner a descargar nada.

Viendo el panorama, siempre intento hacer un shutdown -r, pero el ordenador nunca llega a apagarse, se queda "pillado", lo tengo que apagar mal y volver a encender, todo vuelve a la normalidad (hasta que le vuelve a pasar).

Actualmente tiene una ubuntu server 8.04 con un gnome mínimo instalado, aunque hace no mucho tenía una debian lenny sin escritorio y le pasaba exactamente lo mismo tras un tiempo.

Como dato adicional decir que me resultaría extraño que sea un proceso consumiendo el 100% de la cpu, más que nada porque el ordenador no se calienta en exceso (es un portátil, y se notaría).

Poco más que decir, toda ayuda es bienvenida, yo ya no se que hacer y como siga así va a acabar en un cajón, como servidor no me sirve una máquina que se pasa semi-caída el 25% del tiempo.

Saludos.