Tienes que editar los tags y poner el número de canción en su campo correspondiente.
Yo para editar tags uso el Musikcube, q es mas sencillo de usar que el iTunes. Las edito a mi estilo, y luego le doy a renombrar el archivo de forma q quede por ejemplo "01 - Como los gorilas.mp3". Luego en el iTunes selecciono todas las canciones del disco y edito los tags para añadir la portada.
Espero que te sea de ayuda!
PD: tb hay un programa llamado Tag & Rename q es sólo para editar tags. Me suena q estaba muy bien.