Hola a todos, tras una semana de pruebas intentando averiguar mas sobre mi error, os voy a exponer mis conclusiones por si a alguien les podrian ser utiles en un futuro.
Puedo afirmar con una seguridad casi total que los daños a los joycon se debieron a un exceso de overclock en modo portatil, concretamente con el programa Freebird en los maximos valores permitidos. A continuacion os explicare porque creo que esto ha sido asi.
El daño al primer par de joycons fue moderado, pues los he usado por mas tiempo con overclock (sobre 10 dias). En ese momento aun desconocia el motivo del fallo, y fue cuando empece a usar los otros.
El daño al segundo par de joycons fue leve, tras 5 dias, ya que al notar los primeros sintomas fue cuando sospeche que el problema era el overclock. En ese momento fue cuando lo desactive. Cabe destacar que desde entonces el daño no ha ido a mas en ninguno de los mandos, y hasta el momento no habian presentado fallo alguno en mas de un año.
Ayer mismo he tenido la oportunidar de probar mis joycons en otra consola, presentando el mismo fallo. Tambien he podido probar unos joycon nuevos en mi consola y no daban problema alguno. Puedo afirmar por tanto que los daños han sido unicamente a las palancas de los joycons y la consola esta intacta.
Como afirmaba con anterioridad, al overclockear la Switch, sus circuitos se ven sometidos a una mayor potencia, temperatura, voltaje, etc. Dadas las caracteristicas de la consola, los mandos son sensibles a estos cambios. Por tanto puedo concluir que cargar los mandos en una consola overclockeada puede dañarlos. Es posible que la baja calidad de los materiales de los mandos contribuya al problema.
Es probable que los daños se produzcan bajo ciertas condiciones de juego, en mi caso han sido unas 4 horas diarias al Minecraft varios dias seguidos en modo portatil con overclock a tope. Espero que mi caso pueda resultar util a alguien y por mi ya se puede cerrar el tema.
Un saludo.